苗期的水肥管理对于培育壮苗非常关键。辣椒幼苗根系小而少，吸收能力较弱，苗床内既要有充足的水分，又不能太湿。苗床在播种时浇足了底水，一般能维持到分苗，但要对苗床覆2～3次湿细土，以防止苗床板结和苗出土时苗床出现的裂缝。覆土要选在晴天温度较高的中午进行，每次覆土厚度以0.5厘米为宜。但如床土过干，也可用喷壶适当浇水，但不应过大。因为此时地温较低，如湿度过大，易发生猝倒病等。如苗床湿度过大，可撒于细土或干草木灰，同时加强通风。辣椒分苗后应立即浇水，在幼苗长出新根之前(7～10天)不宜再浇水，以后根据土壤干湿情况适时浇水。
在辣椒育苗时，苗床土施足了底肥，育苗阶段一般不追肥，但如果苗床土底肥不足，幼苗生长纤弱，则应结合浇水进行追肥。补充水肥的方法是，选择晴好的天气，在中午进行浇水或浇粪水，或叶面肥。每一次浇水肥的量要少，分2～3次浇施，以满足幼苗生长需要为准。
