莲藕田基地的施肥量应根据土壤肥瘦而定，一般选择土质疏松、肥沃、有机质丰富、灌排方便的田块，结合整地每亩施入畜粪肥2500-3000公斤，二铵25公斤，硫酸钾10-15公斤，生石灰50-100公斤，过磷酸钙50公斤，饼肥150公斤，耙平即可。
莲藕整个生育期需要追肥3次。第一次在1-2片立叶(大约定植25天)时施用，结合中耕除草，每亩追尿素3-5公斤或施入人粪尿750-1000公斤;第二次在有5-6片立叶(约定植后40天，即将封行时)施用，每亩施复合肥20-25公斤，尿素5公斤，或人粪尿肥800公斤左右;第三次追肥在终止叶出现时进行，这时结藕开始，即为追藕肥，每亩施入粪尿肥1000-1500公斤，饼肥30-50公斤。
施肥应避免在烈日的中午进行，放浅水位，有利于肥料渗入土中，然后再灌水到原来的深度。在深水藕田中，肥料易流失，所以不能直接施用液化肥料，应施用固体肥料，并埋入泥塘中。追肥时，首先将化肥与河泥充分混合，做成泥团，再施入藕田。
