一、肥料应选择滴灌专用肥或速溶性肥料品种。不能完全溶解的肥料，要先将化肥溶解于水，滤除未溶颗粒后再倒入施肥罐。
二、系统正常运行(10～20分钟)后，开始向施肥罐内注肥。肥料注入量视作物需肥量而定，肥料浓度范围以4～200毫克/千克为宜。施肥量过大不仅浪费肥料，而且会引起系统堵塞。施肥后应保持灌溉20～30分钟。
三、系统间隔运行一段时间，就应打开过滤器下部的排污阀放污，施肥罐底部的残渣要经常清理。
四、每次运行，须在施肥完成后再停止灌溉。施肥是否完成，可以通过滴灌专用肥的颜色变化来确定，也可以通过滴头流出水样的电导来确定，当电导恢复灌溉水原值，说明施肥已经完成。
五、灌溉施肥过程中，若发现供水中断，为防止含肥料的溶液倒流，应尽快关闭施肥罐进水管上的阀门。
六、如果水中含钙镁盐溶液浓度过高，为防止长期灌溉生成钙质结核引起堵塞，可用33%的稀盐酸中和清除堵塞。
